Om de vernieuwing van het socialisme. De politieke oriëntatie van de Nederlandse sociaal-democratie 1919-1930. Leiden: Universitaire Pers Leiden, 1974. x + 279 p.. ISBN handelseditie: 90.6021.209.6 (ongewijzigde herdruk: 1978); dissertatie: 90.6021.198.7. Leidse Historische Reeks, Deel 18

De strijd om de academie. De Leidse universiteit op zoek naar een bestuursstructuur (1967-1971). Meppel: Boom, 1975. 211 p. ISBN: 90.6009.209.0.

Quantifying Music. The Science of Music at the First Stage of the Scientific Revolution, 1580-1650.
Dordrecht: Reidel, 1984. xvii + 308 p. ISBN: 90.277.1637.4. Western Ontario Series, Vol. 23.

The Scientific Revolution. A Historiographical Inquiry.
Chicago & London: University of Chicago Press, 1994. xviii + 662 p. ISBN gebonden: 0.226.11279.9.; paperback: 0.226.11280.2.
In 2012 verscheen bij Hunan Science and Technology Press een vertaling in het Chinees door dr. Zhang Butian.
Daaraan heb ik in juli 2012 dit postscriptum toegevoegd. Ik geef er eerst een kort overzicht van de veertien boeken die sindsdien over de Wetenschappelijke Revolutie zijn verschenen. Vervolgens zet ik uiteen hoe allerlei inzichten uit mijn eigen The Scientific Revolution me hebben gestimuleerd tot de ingrijpende reconceptualisering van de Wetenschappelijke Revolutie die ik in 2012 heb neergelegd in How Modern Science Came Into the World.

De herschepping van de wereld. Het ontstaan van de moderne natuurwetenschap verklaard. Amsterdam: Bert Bakker (Prometheus): 2007. 299 p. ISBN gebonden 978.90.351.3102.6
[eerste tot en met vijfde druk; de zesde druk is een paperback met als ISBN 978.90.351.3347.1] die in 2016 in zevende druk uitkwam met een nieuw slothoofdstuk

Dit boek is een beknopte samenvatting, voor een breed academisch publiek, van het eerder geschreven maar later gepubliceerde How Modern Science Came Into the World.
In 2008 ontving ik voor de Herschepping de Eureka-prijs voor het beste boek dat in 2007 wetenschap toegankelijk maakte voor een breed publiek.
In 2010 kwam de Duitse vertaling uit: Die zweite Erschaffung der Welt. Wie die moderne Naturwissenschaft entstand. Frankfurt a/M: Campus Verlag, 2010. In 2012 verscheen bij Hunan Science and Technology Press de Chinese vertaling, gemaakt door dr. Zhang Butian. Een Engelse vertaling kwam in 2015 uit bij Cambridge University Press onder de titel The Rise of Modern Science Explained. A Comparative History.
In 2011 kwam bij Home Academy een doosje uit met 8 cd’s waarop ik onderwerpen behandel die ook in De herschepping van de wereld voorkomen. De titel is De Wetenschappelijke Revolutie. Hoorcollege over grote denkers en thema’s uit de wetenschapsgeschiedenis.

Isaac Newton en het ware weten. Amsterdam: Bert Bakker (Prometheus): 2010. 267 p. ISBN 978.90.351.3454.6.
Van dit boek verscheen een tweede druk.
Dit boek biedt een overzicht van Newtons leven en vooral zijn werk, gericht door de vraag wat dat alles ons leert over ons vermogen om tot geldige kennis over de natuur te komen.
(met Margriet van der Heijden: ‘Newton zou nu bij NWO afgaan.NRC/Handelsblad, 29-9-2012.)

How Modern Science Came Into the World. Four Civilizations, One 17th Century Breakthrough.
Amsterdam: Amsterdam University Press, 2010. xl + 784 p., gebonden, ISBN 978.90.8964.239.4; beschikbaar in Open Access.

Het knagende weten. Amsterdam: Bert Bakker (Prometheus), 2016. 453 p. ISBN 978.90.351.4336.4. (2e druk: maart 2017).

De ideale universiteit. Amsterdam: Bert Bakker (Prometheus), 2020. 128 p. ISBN 978.90.446.4439.5.

In sommige opzichten bouwt dit boek voort op de 104 columns die ik tussen 28 november 1984 en 11 december 1991 schreef in het ‘Onderwijs & Wetenschap’ katern van het dagblad Trouw.